INSTITUTE VYKDOMOS ILGALAIKĖS MOKSLINĖS PROGRAMOS:

1.    Lietuvos Metrikos ir kitų istorijos šaltinių tyrimas ir publikavimas (2012–2016) (dr. A. Dubonis)
2.    Vėluojantis nacijos formavimasis: lietuvių atvejis? (2012–2016) (dr. č. Laurinavičius)
3.    Vilniaus istorija. Tyrimai (2012–2016) (dr. Z. Medišauskienė)
4.    Visuomenės struktūros, socialinė sąveika ir jos poveikis valstybės raidai (naujieji laikai) (2012–2016) (habil. dr. T. Bairašauskaitė)

KITOS PROGRAMOS

1.    Socialinė sąveika ir kultūrinė raiška mieste: laisvalaikis, šventės ir ritualai (2012–2016) (dr. Ž.Šaknys)
2.    Priešistorinės ekonomikos ir technologijų tyrimai (2012–2016) (dr. V. Juodagalvis)
3.    Geležies amžiaus bendruomenės. teritoriniai, socialiniai ir ideologiniai ryšiai (2012–2016) (dr. A.Strimaitienė)
4.    „Savas“ ir „kitas“ Lietuvoje: socialinės struktūros, kultūra, tapatybė (2012–2016) (dr. Vida Savoniakaitė)
5.    Pagalbiniai istorijos mokslai (2014 – 2019) (dr.R.Čapaitė)

ĮVYKDYTOS PROGRAMOS:

Atminties kultūra Lietuvoje. D. 1 (2009-2013 m. ) (habil.. dr. A. Nikžentaitis)
Lietuvių etninės kultūros atlasas. Papročiai. D. 2. (2007–2011) (doc. dr. Ž Šaknys) (failas „Lietuviu etnines kult. atlasas 2“)
Tapatybė erdvėje ir laike: lokalios bendruomenės (2007-2011) (dr. V. Savoniakaitė)
Pagalbiniai istorijos mokslai (tęstinė, 2007-2011) (doc. dr. E. Rimša) (failas „Pagalbiniai istorijos mokslai 2“)
Lietuva Europoje: kultūrinės sąveikos archeologiniais duomenimis (2007-2011) (doc. dr. V. Šimėnas)
Lietuvos krikščioniškoji dvasininkija ir 1863 m. sukilimas (2004-2008) (habil.. dr. A. Prašmantaitė)
Lietuvos miestų socialinė topografija XIV-XX a. D. 1. (2004-2008) (dr. G. Vaitkevičius)
Pagalbiniai istorijos mokslai (2002-2006) (dr. E. Rimša) (failas „Pagalbiniai istorijos mokslai 1“)
Kultūrinių ir socialinių procesų dinamika: etnografinis ir etnologinis tyrimas (2002-2006) (dr. A. Čepaitienė)
Lietuvių etninės kultūros atlasas. Papročiai. D. 1. (2002-2006) (dr. Ž. Šaknys) (failas „Lietuviu etnines kult. atlasas 1“)
Centras – periferija: kultūrinių įtakų kryptys (2002-2006) (dr. G. Zabiela)
Regioniniai baltų kultūros modeliai: procesų dinamika vėlyvajame geležies amžiuje (2002-2006) (dr. I. Vaškevičiūtė)
Lietuva Antrajame pasauliniame kare. (2001-2010) (dr. Č. Laurinavičius)
Lietuvos Metrikos ir kitų istorijos šaltinių tyrimas ir leidyba (2001-2010) (dr. A. Dubonis)
Lietuvos visuomenės modernizacija ir etniniai konfliktai (Nedominuojančios etninės bendruomenės Lietuvoje XIX a. – XX a. pirma pusė. Iki 1940 m.) (2001-2010 m.) (dr. V. Sirutavičius)
Lietuvos istorija (2001–2011) (doc. dr. J. Kiaupienė)
Akmens ir žalvario amžiai Lietuvoje (1999-2008) (habil. dr. A. Girininkas)
Lietuvos istoriografijos paminklai D. 1. (1998-2009) (habil. dr. I. Lukšaitė)